La basse vallée de la Charente commence au site fluvial de Saint-Savinien qui était encore au XIXe siècle un important centre de batellerie sur le fleuve. Saint-Savinien est en effet situé au point où la marée se fait encore nettement sentir pour supporter la navigation maritime mais pas assez cependant pour permettre l'accès aux navires modernes dont le tirant d'eau a considérablement évolué. C'est donc à Tonnay-Charente que les conditions du trafic maritime sont les plus favorables à la navigation moderne du fait de la marée qui se fait particulièrement ressentir, le site portuaire pouvant recevoir des navires jaugeant plus de 5 000 tonnes. Avec Rochefort, ces deux villes fluviales, qui sont situées toutes deux sur la rive droite du fleuve, sont des ports maritimes encore actifs aujourd'hui permettant un trafic fluvial annuel d'environ un million de tonnes.

En aval de Rochefort commence l'estuaire de la Charente où le fleuve s'élargit rapidement et dessine deux profonds méandres avant de se jeter dans l'océan Atlantique. Sur la rive droite sont situés d'amont en aval Vergeroux, Saint-Laurent-de-la-Prée et Fouras tandis que sur la rive gauche se trouvent Soubise, Saint-Nazaire-sur-Charente et Port-des-Barques. Cet estuaire est marqué par des hauts fonds et est gardé par l'Île Madame.

L'embouchure du fleuve s'élargit considérablement entre Fouras sur sa rive droite et Port-des-Barques sur sa rive gauche s'évasant sur environ quatre kilomètres.